Στο ισόγειο του Μουσείο Κομπολογιού αναπτύσσεται το εργαστήριο συντήρησης και κατασκευής, ένας ιδιαίτερος χώρος όπου η τεχνική γνώση, η υλικότητα και η πολιτιστική μνήμη συνυπάρχουν σε μια ζωντανή διαδικασία δημιουργίας και διατήρησης
Η λειτουργία του εργαστηρίου αποτελεί οργανικό μέρος της μουσειακής εμπειρίας, προσφέροντας στον επισκέπτη τη δυνατότητα να παρακολουθήσει από κοντά τις διαδικασίες που συνοδεύουν τη συντήρηση και την ανακατασκευή ιστορικών κομπολογιών, μέσα από πρακτικές που διατηρούν αναλλοίωτο τον χαρακτήρα και την αυθεντικότητά τους.
Με ιδιαίτερη προσήλωση στη λεπτομέρεια, πραγματοποιείται η φροντίδα παλαιών αντικειμένων της συλλογής, καθώς και η δημιουργία πιστών χειροποίητων αντιγράφων, βασισμένων σε αυθεντικά πρότυπα και ιστορικά τεκμήρια.
Η επεξεργασία των χαντρών γίνεται από επιλεγμένα υλικά υψηλής αισθητικής και ιστορικής αξίας, όπως ατόφιο κεχριμπάρι, κεχριμπάρι μαστίχας, φατουράν, κόκκαλο, όστρακο, κοράλλι, κέρατο, κρύσταλλο και τεχνητή ρητίνη.
Το εργαστήριο αναδεικνύει μια σπάνια σχέση ανάμεσα στη χειροτεχνική δεξιότητα και στη μουσειακή τεκμηρίωση, προσφέροντας μια αυθεντική εμπειρία επαφής με την τέχνη του κομπολογιού ως ζωντανό στοιχείο πολιτισμού.